Ein umfassendes B2B-Shopsystem muss auch die Digitalisierung der Prozesse beim Shop-Betreiber selbst unterstützen, um Zeit und Kosten beim Verkauf und Vertrieb zu sparen. Sehr wichtig ist daher eine flexible Anbindung des Shopsystems an bestehende Systeme wie eine Warenwirtschaft oder ein ERP-System, ein PIM-System oder ein CRM- oder CMS-System. Stellt der Lösungsanbieter Schnittstellen zu gängigen Drittsystemen bereit, entfallen für den Kunden die Programmierkosten für diese Schnittstellen. Außerdem verkürzt sich die Zeit bis zum Live-Gang des Shops. Etliche B2B-Shopsysteme verfügen bereits über integrierte CRM-, CMS- oder PIM-Funktionalitäten. Das kann sehr hilfreich sein, weil die Komponenten dann optimal aufeinander abgestimmt sind und die Daten daher problemlos zwischen den Systemen ausgetauscht werden können.

Allerdings ist hierbei darauf zu achten, dass die Systemkomponenten skalierbar sind und in ihrer Funktionalität den Anforderungen des eigenen Unternehmens genügen. Wichtig sind auch Hilfen bei der Produktdatenpflege wie etwa das Importieren, Nachbearbeiten und Standardisieren importierter Produktdaten aus unterschiedlichen Quellen sowie das Zusammenfassen zu Produktkategorien. Zudem müssen die Produktdaten um automatisch aktualisierte Angaben zur Verfügbarkeit, zu Lieferzeiten und -kosten sowie umfassende Preisangaben erweiterbar sein. Dazu gehören beispielsweise frei konfigurierbare Kalkulations- und Konditionsregeln, die als Basis für die Berechnung der ganz unterschiedlichen, kundenindividuellen Preise dienen.

Da das Personalisieren des B2B-Shops immer wichtiger wird, sollte das Shopsystem auch das Ausspielen kundenindividueller Sortimente und Angebote sowie die persönliche Ansprache des Kunden ermöglichen. Sinnvoll sind zudem Funktionen, die das Exportieren der Daten für weitere Anwendungen wie beispielsweise das automatisierte Erstellen verschiedener Verkaufskataloge ermöglichen. Neben den Produktdaten müssen auch die Lieferantendaten erfasst und verwaltet werden können. Auch hier sind Flexibilität und Leistungsfähigkeit der Datenbank gefragt. Wer einen geschlossenen B2B-Shop betreiben möchte, braucht eine Shop-Lösung, die die entsprechenden Prüf- und Freischaltprozesse für Geschäftskunden abbilden kann. Dazu gehören beispielsweise die Möglichkeit zur Abfrage von Steueridentifikationsnummern, eine Funktion zum Hochladen eines Gewerbescheins sowie einen Login für registrierte Geschäftskunden.